三塔寺位于灵鹫峰上，紧邻显通寺，与塔院寺毗邻。该寺建于明万历年间，明神宗的生母李贵妃多次亲往朝拜，三座古塔便是明代帝王嫔妃礼拜后所赐赠建造。三座古塔中间为文殊塔，南为观音塔，北是普贤塔。这三座塔等高，各四米余，塔基成正方形，形制相同，通体纯白，仔细观察便会发现它们各有千秋。

大清年间，从宁波而来的一代高僧贡嘎上师将三塔寺修葺一新，三塔寺便成为五台山黄教道场，并深受康熙、雍正两位皇帝重视。一九八六年，照圆法师与僧众在原址上复建殿宇僧舍，补充塑造佛像。

大雄宝殿分三层，前殿两侧有木雕的药师如来和千手观音。殿右侧一个不大显眼的地方，放置着一尊古旧的铁质塑像。这尊塑像塑于宋代，系生铁铸成，相传是用扬六郎的兵器做成的。中间一层塑有十八罗汉和八大菩萨；最后一层左侧供有木雕的地藏王菩萨和宗咯巴大师，还有泥塑的释迦、阿弥陀佛、药师佛。