马祖庙建于明代万历年间，重建后马祖庙建筑面积204平方米，内供奉马祖像及童男童女和天、地、水三官。每逢马祖庙会，辽南民众争相进岛祭拜，马祖庙内香火不断，每年进香游览者万余人。

每年的阴历六月十六，信男信女们纷纷登岛上庙，烧香祈福，保佑风调雨顺，五谷丰登，鱼虾满仓，人丁兴旺。