佛塔位于海印池南端，是一座高18米的五层方塔，双层塔座，三层塔身，有台无檐，全由太湖美石砌成。宝塔系元代元统年间由山僧孚中禅师募资改建，并得到太子宣让王等江南诸藩王资助，还在塔旁建造了太子塔院。1919年，印光法师与住持了余、了清等请无为居士陈性良募捐补修，形成现在的造型。上三层四面均凿龛雕佛，造型别致，气韵古雅，尤其是第三层四周的观音三十二应身小像，神态温和凝重，给人以亲切端庄之感，其独特的宝箧印式造型为全国罕见。佛像的背景为十八罗汉，每个罗汉神态各异，栩栩如生，每层石台置石栏，石栏柱端刻有守护天神、狮子莲花等图案。石塔底层基座平台较宽，顶层四角饰有蕉叶山花，四周栏下雕有四个龙头，张口作吐水状，雨天水从龙口流溢，如龙垂涎。清晨时分，日出海上，站在塔院中闻听普济寺传来的悠扬钟声和百步沙海滩的澎湃潮响，两声互相应和，激荡心胸，令人神清不已，故得“宝塔闻钟”之美名。塔院内还有诸多古迹、题刻，康有为到普陀山时曾在塔院内假山石上留题“海山第一”四字。在宝塔内还曾发现了明万历十七年（1589年）聊城御史傅光宅所撰、余姚俞近旸所书的《普陀山太子塔下藏零牙志》。