慈云禅寺初建于唐咸通三年（862），坑日战争时，该寺曾是宁波日报社前身——宁波民报的办报场所。1941年宁海中学为避日寇轰炸曾迁此上课。文革时期，曾在这里办“黄坛五七高中”。

寺院傍山而筑，梯级布局。进入寺门，七座香轮塔列队挺立路边，好似迎接香客和旅人的到来。寺内主要殿宇有天王、大雄、圆通三座，大雄宝殿两侧有对称的厢房，东厢十二间是砖木结构楼房，西厢九间是水泥结构新楼。东厢隔个天井，有十二间两层楼香客居室，过香客居室通道隔个小天井就是地藏殿。西厢隔个天井，有七间古式方柱格子门窗的木结构楼房，是旧城改造时，拆移鸡行街有名的程干青的古典建筑屋料建成的香客斋室。斋堂北面有五间伙房与之配套。圆通宝殿西边两弄二层楼水泥结构新楼，楼上是佛事场所，楼下是高档香客居室。总建筑面积为6000平方米。