云栖寺为北宋乾德5年，伏虎禅师创建，为法眼宗名寺。明隆庆5年，袾宏大师见寺宇荒败，乃重新兴修，设禅室，讲三教合一、禅净合一之义，深得僧俗崇奉，寺殿亦逐渐恢复，世有“云栖宗”之称，与灵隐、净慈、虎跑、昭庆诸刹齐名，成为杭州五大丛林之一。今佛寺虽已不存在，但风韵犹存，古意盎然。

相传，人们常见飘过五云山的彩云在这里栖留，故名云栖，宋乾德五年吴越国建。治平三年改栖真院，隆庆五年复标云栖旧名。

清康熙三十八年，圣祖御题“云栖”及“松云间”二额。乾隆十六年题“香门净土”、“悦性亭”、“修篁深竹”三额，二十七年又题“西方极乐世界安养道场”额。

原寺院壁间留有乾隆题诗刻石及董其昌书定的《金刚经》碑石。寺周翠竹满目，石径曲折，延纡数十里，有“湖山第一奥区”之称。厉鹗游云栖曾作《宿云栖寺》。六十年代云栖寺的部分殿屋改建为杭州市总工会休养所，寺前两幢楼阁，整修为“冲云楼”、“舒篁阁”，通往五云山贩石级前建“兜云亭”。