宋室南渡后，绍兴元年(1131年)，宋高宗诏守臣徐康国利用原州治筹建行宫，四年至二十八年扩建宫城及东南外城，使整个皇城范围东起中河南段以西，西至凤凰山，南自笤帚湾，北达万松岭。景炎元年(1276年)，元军攻人杭州，不久宫室遭火焚毁过半，元江南释教总统杨琏真伽将残留宫殿改为报国寺、小仙林寺、尊胜寺、兴元寺、般若寺。至明万历间，大殿基本坍毁，整个皇城渐成废墟。原皇城地现为军区后勤部仓库和居民住宅等，只存遗址深埋地下，遗址周围地区有许多五代至元代的遗迹和遗物。