查海遗址博物馆属新建馆，设计新颖，造型独特，意在表现原始人类地穴式房屋特点。博物馆共有藏品163件。其特点是石器比较多，且多属于生产工具，分为打制器、磨制器、石刀、石斧、石铲、石磨盘、石磨棒等。

陶器外壁都装饰着“之”字纹、几何纹、席纹、龙纹等，共有40余种纹饰图案。这些展品反映了查海人当时制陶工艺的先进水平。 其中，玉玦等玉器是迄今为止世界上发现最早的真玉制品；龙纹陶片把中华民族崇拜龙图腾的历史向前拉长了约3000年。