慈恩寺位于沈阳市沈河区大南街三段，东临万泉河，有万柳塘公园、带状公园环绕。相传寺庙始建于唐朝，但无从考据。目前可考的是重建于后金天聪二年(1628)，寺内碑文有载天聪二年复兴古刹云云。

寺庙初建，规模较小，及至清顺治元年(1644)，建成大殿、韦驮殿、两廊，规模开始扩大。此间，慈恩寺不仅规模得到扩大，其影响也得以扩大。这是因为慈恩寺来了一位颇有作为的和尚。

清顺治五年（1648）春末夏初，从京都押到盛京一个南方和尚，是名钦犯，和尚法号函可，字祖心，号剩人，广东博罗人，是明末礼部尚书韩日缵之子。早年考中秀才，在29岁时因父亲去世家道中落，便去罗浮山出家为僧。有一次他在南京印刷藏经，正赶上清军南下，目睹那些曾经作威作福的明朝达官贵人非逃即降，人民深受战乱之苦，他痛心疾首，遂写了《再变记》一书，记述了清军进犯南京的实况。不料当他出城返寺时，此书被清兵搜出，遂成一桩要案，剩人和尚因此被押在京师受审，后来被流放到盛京，敕住慈恩寺。

在流放盛京的途中，他很快地与一些同被流放的人成为朋友，还同一些文人儒士交游谈心，地方名流和部分官员也都愿与他交往。后来，清廷对他的监视有所放松，他每年都去千山，游览寺庙、采风、创作。在他的带领下，文人们常在一起吟诗作赋，相互唱和，顺治七年（1650），剩人和尚组织成立了沈阳最早的文学团体——冰天诗社。

剩人和尚不光读书会友，还救困扶危，在百姓中声誉甚高。有一年盛京从春到夏，天旱无雨，城内外瘟疫四起，死亡人数众多，大街小巷一片萧疏，剩人和尚痛心疾首，率全寺僧人去郊外采摘草药，诸家施送，劝人饮服，使许多病人转危为安，被大家所称赞。剩人和尚还在盛京许多寺庙中宣扬佛法，被奉为辽沈地区佛教的开山祖师。顺治十七年（1660），剩人和尚坐化于沈阳，终年49岁。众弟子将其遗体迁往千山，在璎珞峰西麓修建了剩人禅师塔。十几年间，他在沈阳留下了《千山诗集》和《剩人禅师语录》两部著作。可以说，正是函可的到来，使得慈恩寺一改往日冷清的面貌，光彩大增。

顺治以后，慈恩寺年久失修，渐至荒废。光绪二十六年（1900），戒住北京圆广寺的沙霁和尚来到沈阳，与千山中会寺法安和尚商议在沈阳筹建丛林（有戒单的正式和尚都可留住的寺庙），此想法得到魁星楼录司张深海的支持，在其建议下，慈恩寺进行了大规模的重修与扩建。为此，沙霁和尚四处化缘，多方努力，历时18年先后建山门、天王殿、配殿、钟鼓楼、禅堂、念佛堂、两廊、比丘坛。 1919年最后建成大雄宝殿。1927年，沙霁和尚圆寂，被尊为慈恩寺一代开山祖师。1934年，慈恩寺举行了一次规模盛大的戒坛，历时50多天，先后有800多人受戒。慈恩寺由此成为名副其实的佛教“十方丛林”。

慈恩寺著名，一是因为这里住过和尚函可，二是因为这里有沈阳最大的藏经楼。因此，慈恩寺的和尚在当地被尊视为佛学造诣最深。谁能请这里的和尚诵经作法，那不仅仅是地位权势的象征，而且也显示出施主对于佛家经典的理解和修养。

慈恩寺的藏经楼，两层硬山前廊式建筑，面阔七间。其规模和样式与传统的藏书楼几无二致。藏经楼内，收藏明万历藏经724函，清雍正藏经724函，清光绪藏经728函。藏经包括经、律、论三部分。其中光绪朝的藏经是御赐的，比另两部藏经多四函，属论部。慈恩寺的藏经在沈阳佛教界数量最多，版本最为完整，弥足珍贵。由于慈恩寺的藏经楼大、书多，外地的僧人常来此住读，成为沈阳地区佛教活动的中心。

1949年以来，慈恩寺一直为省、市佛教协会所在地，殿堂经过多次维修。1985年被列为沈阳市文物保护单位，1988年又被列为辽宁省文物保护单位，现为沈阳市佛教协会所在地。

慈恩寺是沈阳最大的佛寺，有“十方丛林”之称。